Панаіотіді є дружиною ексголови НАК "Нафтогаз України" Андрія Коболєва, який фігурує у справі Національного антикорупційного бюро України щодо можливого незаконного нарахування собі багатомільйонних премій.
У 2020 році Світлана Панаіотіді ініціювала ухвалення постанови Кабінету Міністрів №840, яка започаткувала реалізацію експериментального проєкту з функціонування «національного оператора на ринку тютюнових виробів». Цей документ фактично легалізував монопольне становище компанії "Тедіс Україна" (раніше — "Мегаполіс"), яка домінує на ринку дистрибуції тютюнових виробів із щорічною виручкою у 60–70 млрд грн.
Компанія "Тедіс" неодноразово фігурувала у розслідуваннях щодо зв’язків з російськими структурами, зокрема з бізнесменом Ігорем Кесаєвим — власником заводу імені Дегтярьова (виробник стрілецької зброї в РФ) — та оточенням Віктора Медведчука. Частка українського впливу, за інформацією джерел, представлена бізнесменом Борисом Кауфманом — керуючим партнером Бориса Ложкіна.
Попри накладений АМКУ у 2017 році рекордний штраф на "Тедіс" за зловживання монопольним становищем, справу було фактично згорнуто. Панаіотіді на той момент була державним уповноваженим комітету, ймовірно, за політичною квотою Ложкіна.
Уже на посаді заступника міністра економіки Панаіотіді продовжила просування проєкту, вигідного "Тедісу". Так, під час обговорення постанови №840 вона публічно заявила, що її реалізація дозволить «закласти фундамент для проєкту державно-приватного партнерства» в сфері обігу тютюнових виробів, термін дії експерименту було визначено до 31 грудня 2021 року.
Національне агентство з питань запобігання корупції (НАЗК) висловило занепокоєння щодо корупційних ризиків, пов'язаних із створенням Національного оператора на ринку тютюнових виробів.
Наразі правоохоронні органи перевіряють обставини, що можуть свідчити про системне лобіювання комерційних інтересів монополіста при державній підтримці та можливе зловживання владою чи службовим становищем.